داستان ارتش سری مربوط به دوران جنگ جهانی و فعالیت‌های یک گروه نجات در بلژیک است. فعالیت‌های این گروه بیشتر به فراری دادن خلبان‌های بریتانیایی است که هواپیماهایشان در بلژیک سقوط می‌کند. اعضای گروه در بروکسل رستورانی دارند و ظاهراً مهماندارانی گرم برای افسران گشتاپو هستند که بروکسل را در اشغال خود دارند. شماری از اعضای گروه در جریان عملیات و همچنین بمباران‌های زمان جنگ کشته می‌شوند. پس از جنگ مردم شهر با این تصور که گردانندگان رستوران، خودفروخته و دوست افسران گشتاپو بوده‌اند آن‌ها را مورد آزار قرار می‌دهند.