فیلم سینمایی تولد یک پروانه شامل سه فصل است. فصل اول : تولد. آقا اسماعیل با زن بیوه ای که یک پسر و یک دختر دارد ازدواج می کند و منتظر به دنیا آمدن فرزندش است، اما همسرش موقع وضع حمل از دنیا می رود. مرد که تا به حال با پسر نوجوان زنش ارتباط خوبی نداشته با او دوست می شود و پسر هم سعی می کند او را تسلی دهد. فصل دوم : راه. ماندنی پسربچه ای که نذر دارد به امامزاده برود و برای شفای مادربزرگش دعا کند، با زحمت بسیار همراه اهالی روستا به امامزاده می رسد. در امامزاده با دیدن خادم آن جا، کربلایی محمد درمی یابد که قبل از رسیدن به امامزاده مورد لطف قرار گرفته است. فصل سوم : پروانه. یک معلم قرآن به روستایی آمده تا بچه ها را آموزش قرآن دهد. پیشگویی های معلم در مورد مسائل مختلف مردم و روستا چندین بار درست در می آید و وقتی سیل روستا را تهدید می کند روستاییان از معلم می خواهند که با دعا سیل را برگرداند، اما معلم تلاش می کند به مردم بفهماند او توانایی هر کاری را ندارد و باید از راه دیگری جلوی سیل را بگیرند.